Лечебный эффект при заболеваниях почек и печени наблюдается даже при жевании шишкоягод можжевельника. Первый день – 4 ягоды на протяжении дня тщательно разжевать и проглотить, косточки выплюнуть. В последующие дни прибавлять по одной ягоде ежедневно, а с 15 дня – уменьшать по одной ягоде ежедневно до 4 ягод в день. Такой прием шишкоягод улучшает аппетит, уменьшает метеоризм, оказывает желчегонное, мочегонное, дезинфицирующее действия.
При раковых язвах хорошо помогают присыпки из порошка можжевеловых ягод, а при подагре, ревматизме, остеохондрозе – ванны с отваром из ягод и иголок .
Для ингаляций используется и эфирное масло можжевельника, в качестве средства, способствующего быстрому выздоровлению больного, а также при туберкулезе, острых и хронических заболеваниях дыхательных путей. Ингаляции с эфирным маслом могут быть горячими и холодными. При горячих ингаляциях в посуду с широким горлом наливается кипяток, добавляется несколько капель эфирного масла. Вдыхание длится 3-10 минут. В случае холодных ингаляций вдыхание производится непосредственно из флакона или после нанесения на аромамедальон (из мелкой пористой глины). Дыхание ровное и глубокое, длительность 3-10 минут.
При нарушении обмена жидкости в организме, ведущего к возникновению отеков, опытные специалисты в области ароматерапии рекомендуют принимать можжевеловое эфирное масло вовнутрь. Помимо оказания противоотечного действия, эффективно оно и при проблемах, связанных с нарушением обмена веществ, при частых головных болях, вялости, нервных стрессах, умственном переутомлении, болях в суставах, обусловленных подагрой или ревматическим процессом, при повышенном артериальном давлении.
Применение в кулинарии
Используются плоды можжевельника для производства известной можжевеловой водки и джина, входят в состав многих смесей пряностей. В первую очередь можжевельник употребляется во всех способах приготовления дичи, темных соусов, изделий из мяса, главным образом жирной свинины и баранины (по нескольку ягод).
 ценится отличный привкус квашеной капусты после добавления плодов можжевельника. Именно благодаря ему капуста, заквашенная в бочках, получила известность во всем мире. Улучшает он и аромат савойской, краснокочанной капусты и свеклы. Веточки вереса использовали в качестве пряности для всевозможных солений, растёртые в порошок ягоды добавляли в пряничное тесто, готовили из них крепкие напитки.
Из можжевельника можно получить сироп, из которого получить сахар, желе, кисель, пряники, коврижки, подсластить чай и кофе.

 Применение в магии
Можжевельник относится к реликтовым целебным растениям, известным еще с библейских времен, когда его использовали для изгнания злых духов. Индейцы Северной Америки использовали можжевельник для лечения ран и заболеваний кожи, костей и суставов, помещая больных в заросли можжевельника, где воздух был насыщен целебными летучими веществами. Во французских госпиталях сжигали можжевельник во время эпидемии оспы. Его применяли также повсеместно для борьбы с чумой и другими заразными болезнями. В средние века были обнаружены целебные свойства можжевельника, которые с успехом используются и по настоящее время.
Было замечено, что оберёг из можжевельника охраняет от многих заразных болезней. У многих народов можжевельник – символ преодоления смерти и символ вечной жизни. С этим связан обряд устилания ветвями можжевельника последнего пути умершего и сжигания их на похоронах. Так как можжевеловая древесина не гниет и с течением времени даже приобретает особую прочность, то знатных особ хоронили в дорогих саркофагах из можжевельника.
В Древней Греции и Риме можжевельник считался верным средством против змей. В известном мифе об аргонавтах рассказывается, как Медея и Ясон с помощью можжевельника усыпили чудовищного змея, охранявшего золотое руно.
На Руси также считалось, что семена можжевельника, носимые на теле, способны защитить от укусов змей. Еще было замечено, что молоко в крынке из можжевельника даже в жаркий летний день не прокисает, а в запаренных можжевельником бочках долго не портятся засоленные на зиму овощи. Также казались удивительными и неувядающая зелень можжевельника, и его особый бальзамический запах и число три, которому соответствуют многие части растения (хвоя собрана по три, три чешуйки в женских колосках, три семени в шишкоягодах). Все это рождало веру во всеохраняющую силу этого растения и большое количество суеверий и обычаев, связанных с ним. До сегодняшнего дня существует обычай: ветви можжевельника, освященные в церкви, хранят за иконами, крепят под потолком, в хлевах, считая это защитой от болезни и других несчастий. 

                                                  Мифопоэтические представления о Можжевельнике, кедре, кипарисе и других сходных растениях, отражённые и в ритуальной практике, чаще всего ориентируются на такие их свойства, как вечнозелёность, хвойность, характерный бальзамический запах (особенно при сжигании). С Можжевельником (так же как с кедром и кипарисом) устойчиво связывается символика смерти и её преодоления как начала вечной жизни. С древнейших времён ведёт происхождение распространённый обычай сжигания ветвей Можжевельника при похоронах и устилание ими последнего пути умершего. Особое место занимает сжигание Можжевельника, кедра или других близких растений с целью ритуального окуривания, благовонного каждения (от кадить, чадить и т. п.). Такое благовонное окуривание описывают Геродот и римские авторы (Плиний Старший, Вер-гилий, Варрон и др.). В разных традициях Старого и Нового света Можжевельник используется для окуривания дома, конюшни, других хозяйственных помещений с целью предотвращения удара молнии или изгнания нечистых духов. Известны поверья, согласно которым, в Можжевельнике живёт злой дух или чёрт (ср. кашубское наименование чёрта kaduk и белорусское диалектное наименование дьявола, злого духа — кадук).
Вместе с тем существовали поверья (в Жемайтии) о священном лесе, в котором растёт Можжевельник, не подлежащий рубке из-за того, что в нём живут боги. Иногда можжевеловые или кедровые названия использовались в теофорных именах: по сообщению Павсания, Артемида в Орхомене имела эпитет кедровая. Мало кто в древности отделял многочисленные виды можжевельников, называя их одним словом – кипарис. Кипарис в южной Европе и юго-западной Азии — символ смерти, отчаяния, вечного горя, скорби, но и возрождения, бессмертия души, радости, милости. В Греции в ежегодных ритуалах оплакивания Афродитой погибшего Адониса участники процессии несли кипарис. С кипарисом связывается и одно из имён Афродиты (Киприда), так как название острова Кипр дано по кипарисовому признаку. По свидетельству греческих и римских авторов, кипарис был посвящён Аполлону, Венере, Плутону, Сильвану и др. Из кипарисового дерева были сделаны палица Геракла, скипетр Юпитера, стрелы Купидона. В античной традиции кипарис рассматривался как дерево траура, посвящённое богу подземного царства и эриниям (фуриям). Некогда он был юношей, который, нечаянно убив любимого оленя, от горя превратился в дерево . В Древнем Иране кипарис почитался как священное дерево в силу того, что на нём было вырезано слово Ахурамазды. Финикияне иногда заменяли конический камень, посвящённый Астарте, кипарисом. Древние евреи в праздник кущей пользовались кипарисом и миртом для возведения шатров. Сионский кипарис считался атрибутом девы Марии. Достаточно распространены и этиологические мотивы, связанные с этим деревом (иранская версия об отростке кипариса, принесенном Заратуштрой с небес; мифы о кипарисе как превращённом мифологическом персонаже).

                                                         Рецепты зелий, в которых оно используется В качестве лекарства используют настой ягод. Готовят его по обычной технологии в соотношении 1:20. 5 г измельченных ягод можжевельника обыкновенного заливают 250 мл кипяченой воды комнатной температуры и настаивают 10-12 часов или готовят на водяной бане в течение 15 мин в плотно закрытой посуде. Затем настой отцеживают в термос и пьют по 1/3 стакана 3 раза в день за 15 – 30 мин до еды.
Также мелкоизмельченные иголки или древесину можжевельника применяют для санации воздуха в помещении: 10-20 г заливают 150-200 мл воды и кипятят 10-15 минут. При этом эфирное масло испаряется вместе с водой и в виде пара ароматизирует воздух в помещении, одновременно дезинфицируя его. Таким же способом можно проводить и ингаляции.
Эфирное можжевеловое масло можно использовать и для приготовлении мази при чесотке: 50-60 капель на 30г основы (вазелин, растительное масло).
Дозировка масла можжевельника:
Для массажа: 4 - 5 капель на 10 мл растительного масла.
Для внутреннего употребления: 1 - 2 капли на 1 ч. ложку масла 2 - 3 раза в день в течении месяца.
Для ванн: 5 - 6 капель.
Для аппликаций: 6 - 6 капель.
Для компрессов: 6 - 7 капель.
Для обогащения косметических средств: 2 - 3 капли на 5 г основы.
Для получении сиропа шишечки можжевельника разминают, не дробя семян, так как именно они содержат горечь. Килограмм раздавленных ягод кладут в кастрюлю с 3 литрами воды, нагретой до 40С, размешивают четверть часа, затем ягоды вынимают и отжимают сок. Положив в него вторую и третью порции свежих ягод, получают сок, содержащий до 20 % сахара. При выпаривании на водной бане получают сок, содержащий до 60% сахара. Можжевеловый сахар в полтора раза слаще свекольного.